BMTRY 704: Nonparametric Methods in Biology and Medicine
Fall 2009


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     Proc Npar1way
     Datta-Satten RS


Class Information

Instructor Dipankar Bandyopadhyay
Assistant Professor
Department of Biostatistics, Bioinformatics, and Epidemiology
135 Cannon Street, Suite 305 E 
Medical University of South Carolina

Class Schedule Tuesday, Thursday
1.30 PM - 3.00 PM
Cannon Place, Room # 301 or 304 (DBE Conference Room)

Office Hours Thursdays  3.00 PM - 4.00 PM, or by appointment

Required Text Myles Hollander and Doug Wolfe: Nonparametric Statistical Methods, 2nd Edition, Wiley, 1999

HollanderNPbook


General Class Outline and Reading Blocks



  • Introduction (Chapter 1)
  • Dichotomous Data (Chapter 2)

Grading
  • Homework sets and class participation (30% total)
  • 2 midterm exam (20%): Inclass 
  • Final Exam (30%)                        

Lecture Notes and Codes
Acknowledgements to Prof. Geyer (Minnesota) 

Date Lecture Title
          08/25/2009                              Introduction (Lecture1)
          08/27/2009                              Basics (Lecture 2)
          09/01/2009                              Order Statistics, PIT, etc (Lecture 3)
          09/03/2009                              Binomial Tests (Lecture 4
          09/08/2009                              More on Binomial Tests (Lecture 5Rcode
          09/10/2009                              Wilcoxon Signed Rank (SR) Test (Lecture 6)
          09/15/2009                              More on Wilcoxon SR Test (Lecture 7) Rcode
          09/17/2009                              Examples and other discussions (Lecture 8)
          09/22/2009                              Sign Test (Lecture 9) Rcode
          09/29/2009                              Sign Test Computations (Lecture 10)
                             Rosner Paper
                             Rosner SR clustered test
                             SAS_signtest
                             More R
          10/01/2009                              Two-sample problem (Lecture 11)
          10/06/2009                               Rank sum (RS) tests (Lecture 12),
                              Rosner RS clustered test paper
                              Datta/Satten clustered test paper
                              Rcode_RS
                              SAS_RS
                              SAS_Rosner_clustered_RS
                              SAS_Rosner_clustered_RS_confounded
           10/08/2009                               Ansari Bradley (AB) tests (Lecture 13)
                              SAS_AB
                              R codes can be found here
           10/13/2009                               Jackknife/Miller's Test/KS test (Lecture 14)
                              Jackknife Program
                              SAS KS Example
                              KS R code
           10/20/2009                               Kruskal-Wallis (KW) Test
           10/22/2009                               KW and Jonckheere-Terpstra (JT) Tests
                              KW-JT SAS code; R code
           10/27/2009                               Friedman and Page tests
                              Friedman (SAS and R)
                              Page (SAS macro) 
           10/29/2009                               Kendall's Tau
                              R code, boots.tau
                              SAS
           11/03/2009                               More on Bootstrap
                              More R programs
                              Reading assignment 1
                              Reading assignment 2
           11/19/2009                               Spearman's Rank and U-statistics (Lecture)
                              Notes on smoothing
                              Spearman's Rho